小鼠的微生物学和寄生虫学质量监测应按中华人民共和国国家标准《实验动物微生物学等级及监测》(GB 14922.2-2011)和《实验动物寄生虫学等级及监测》(GB 14922.1-2001)进行。一般要经过抽样、编号、外观检查、采血、解剖、实验室检查的过程。

(一)外观检查

仔细观察小鼠是否表现出异常症状，包括：精神状态、运动情况、体表有无异常、生产能力和带乳情况、排粪是否正常、采食和饮水等。

(二)剖检

定期抽取一定数量的动物(如即将淘汰的小鼠)进行解剖，观察各内脏器官的大小、形态、颜色、质地，并作详细的记录。对出现异常的器官组织，还应按照病理学和微生物学检查的要求取样，及时送往专业检测实验室进行有关检查。

(三)实验室检查

针对不同的检测项目，采用的方法也不一样。详细内容参见国家标准《实验动物微生物学检测方法》和《实验动物寄生虫学检测方法》。

1.细菌和真菌

多采用病原学方法，即分离培养病原菌的方法。对于发病动物，要对病变的各组织和脏器作细菌学检查，而正常动物的常规检测，主要采用刮取皮屑、采气管分泌物或鼻咽腔分泌物及肠内容物作细菌培养检查。

对不能在培养基上生长的细菌(如泰泽病原体)，可采取病变组织直接压片、镜检的方法检查，并结合病理检查结果作出判断。

2.病毒

主要采用血清学诊断和病原学检查方法。用已知的病毒抗原检查动物血清中特异性抗体水平和阳性率，从而得知动物群体的感染情况。因此，血清学方法适用于定期的常规检测。常用方法有ELISA、IFA、EIA和HI等。而在疾病暴发流行需对病原作出诊断时，以病原学检查为主。常用的方法包括细胞和鸡胚接种培养、聚合酶链反应、病理切片和电镜检查等。

3.寄生虫

主要以病原学检查为主。也有辅助诊断的血清学方法，如国家标准《实验动物寄生虫学检测方法》推荐的间接血凝用于弓形虫的检查等。