人畜共患病是指人类和脊椎动物之间自然传播的疾病和感染。传播途径可通过人与患病动物的直接接触，或经由动物媒介和污染病原的空气、水和食品。历史上，人畜共患病曾多次流行，给人类造成巨大损失，例如鼠疫、黄热病等。多数实验动物常见的传染性疾病，人类通常都是不易感的，但也有例外的情况。如很多情况下，动物并没有表现为发病，但其携带的病原体可能引起人的致死性感染。另一方面，健康动物体内常在微生物有可能引起人类机体的严重紊乱。所以，在工作过程中接触实验动物或感染动物，必须对于可能出现的结果产生警惕，以把感染的危险降到最低。目前的实验动物均为经过质量检测的等级实验动物，但也应该警惕一些实验动物容易携带的人畜共患病，以及被动物咬伤或抓伤而引起的过敏反应。应该意识到实验动物(如小鼠、兔、豚鼠、仓鼠和猫)是许多人畜共患病的源泉。

(一)啮齿动物及兔类

与啮齿动物有关并应引起重视的疾病有：弓形虫病、绦虫感染、鼠咬热、淋巴细胞性脉络丛脑膜炎、沙门菌、癣以及皮肤真菌病、钩端螺旋体病、汉坦病毒和腺鼠疫等。

(二)犬和猫

除了在实验研究过程中接触的病原外，犬和猫的健康状况和背景如果不清楚，必须考虑它们所带病原体的真实情况。由于这些动物容易携带包括狂犬病在内的几种严重的人畜共患病，对这些动物必须要小心照料和有良好的判断力。除狂犬病外，猫可能感染弓形体，如果传染给怀孕早期的孕妇，会引起胎儿的感染。另外，犬和猫的咬伤、抓伤和引起的过敏反应比较普遍。通常情况下，这些动物都接种狂犬病疫苗，但也会存在由于观察期短，动物并未表现出典型的临床症状时，会给接触的人带来危险。所以，所有接触犬和猫的动物护理人员都应该接种狂犬病疫苗。处理感染犬的粪或皮毛的时候，来源于犬的肠道蛔虫、钩虫以及蠕虫、疥螨对于人都构成了潜在的危害。癣，一种猫的常见皮肤真菌病很容易传染给人。猫抓病(猫抓热)是一种能引起被抓部位皮肤丘疹、颈后淋巴结节炎为特征的人畜共患病。

(三)农用动物

目前来说，牛、猪、羊等农用动物来源经常比较分散，没有完整的健康信息和免疫史资料，这就要求有必要采取适当的处理措施：特别对那些可以传染给人的疾病要进行隔离检疫。与这些动物相关的典型传染病是隐孢子虫病和鹦鹉热。鹦鹉热是由立克次体、鹦鹉热衣原体、伯纳特柯克斯体引起的人的一种严重传染病。那些饮用了未彻底消毒牛奶的人，或接触了屠宰好的奶牛、绵羊、山羊新鲜组织的工人，经常感染而发病。病原体多分布于绵羊胎膜上，是引起实验室工作人员引发鹦鹉热流行的主要原因。对这些实验动物应做血清学检测。接触这些动物的人应该佩带手套、面具和防护服。隐孢子虫(原生动物)寄生在反刍动物的粪便中，当接触这些农用动物的时候，应该小心避免与尿液、粪便接触和被咬、被抓、舔及扭伤。猪丹毒可能传染给人并引发局部皮肤的严重感染，处理有诊断损伤(皮肤钻石斑)的猪要小心。在与感染了传染性羊疮或羊痘疮或水泡性口炎的绵羊或山羊接触后，人手上就会出现相似的不太严重的皮肤损伤。狂犬病对于奶牛、马之类的大动物也是一种威胁。所以工作时与奶牛、马接触的人应该进行提前免疫预防。

(四)野生动物和不常用的实验动物

一些尚未驯化的动物有时被用于研究当中，如雪貂、负鼠、麝鼠和多种两栖、爬行动物，这类动物应放在带有特殊安全说明的隔离器中。鸟类能传播如鹦鹉热、禽结核之类疾病，只有经过特殊检查检疫过的鸟类才能用于实验室或教学示范。兔能构成吸血蝙蝠的一种威胁，因此，与他们接触的人建议进行提前免疫预防。在海龟和其他爬行及两栖动物体内经常携带沙门菌，所以接触爬行及两栖动物时应该戴手套，实验完毕后应洗手。