一个受精卵是如何从单细胞发育、分化为大量不同类型的细胞、组织和器官，最终构成一个完整的生命体的，这一直是发育生物学的基本问题和长期以来的研究目标。得益于近年来单细胞测序技术和计算生物学的发展，以“DNA条形码”为代表的谱系示踪技术取得了长足发展；例如，发育生物学的研究人员利用该技术明确了包括小鼠、斑马鱼、非洲爪蛙以及海鞘等多种生物的细胞发育谱系。文昌鱼是介于无脊椎动物和脊椎动物之间的过渡型动物，是最原始的脊索动物（Chordate）,一直是研究脊椎动物起源和演化的理想对象，在探索脊索动物细胞命运决定保守机制和进化发育上有着极其重要的地位。 

近日，毛炳宇研究员团队牵头联合中国科学院数学与系统科学研究院张世华研究员团队、厦门大学李光教授团队以及华大基因和福建师范大学等相关科研团队在《Cell Reports》杂志在线发表了题为“Joint profiling of gene expression and chromatin accessibility of amphioxus development at single cell resolution ”的研究论文，该研究联合Split-seq单细胞转录组测序（snRNA-seq）和10× Genomics单细胞表观组测序（scATAC-seq）技术，以单细胞分辨率绘制了文昌鱼早期胚胎发育全细胞命运图谱和成体文昌鱼各组织的单细胞基因表达图谱和染色质开放特性图谱；分析了文昌鱼胚胎各谱系分化过程中的基因转录动态；以及通过跨物种的整合分析，构建了文昌鱼胚胎各谱系分化过程中保守的基因调控网络。 

该项研究检测了不同胚胎发育时期的文昌鱼胚胎，超过十万个细胞的转录组测序，并系统性地绘制了文昌鱼各胚层细胞分化路径以及每个路径中基因的表达变化。同时该研究还进行了来自不同胚胎发育时期的文昌鱼胚胎的单细胞表观组测序，共获得数万个单细胞的表观组数据；通过转录组和表观组的整合分析，构建了文昌鱼胚胎谱系分化过程中的基因调控网络，计算筛选并通过原位杂交实验验证到多个组织特异表达的新标记基因。这是第一张文昌鱼胚胎发育过程中的单细胞分辨率全细胞命运图谱，这项研究产生的数据对于研究脊椎动物各组织器官的演化具有重要意义。 

中国科学院昆明动物研究所马鹏程副研究员、中国科学院大学博士生刘星言、徐枣旭和硕士生丁香凝、厦门大学生命科学学院硕士生刘惠敏以及福建师范大学黄镇博士为论文的共同第一作者，华大基因陈东升博士、中国科学院昆明动物研究所毛炳宇研究员、数学与系统科学研究院张世华研究员、厦门大学李光教授、华大基因徐迅博士和福建师范大学张秋金教授为论文的共同通讯作者，毛炳宇研究员为论文的Lead Contact。本研究得到国家自然科学基金委、中国科学院战略性先导科技专项、中国科学院青年创新促进会与中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室开放课题等项目的资助。论文链接：https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(22)00765-3。 

图示文昌鱼单细胞水平转录组和表观组整合分析