作为中科院武汉病毒所研究布局的重要研究方向和发展的优势学科领域，石正丽研究员领导的学科组主要开展了自然界最大的病毒储存库蝙蝠所携带病毒流行病学及SARS跨物种传播的机理的研究。该研究组首次发现中国大陆蝙蝠体内存在尼帕病毒或尼帕样病毒抗体，提示我国存在尼帕或类似病毒的自然疫源地，并适时向国家有关部门提出了预警；分析了蝙蝠SARS样冠状病毒和SARS冠状病毒所用细胞表面受体的差异，提示自然界SARS样冠状病毒多样性为新病毒的形成和跨物种感染提供了可能；通过对SARS  CoV感染和宿主免疫系统相互作用研究，发现SL  CoV  VLP能在未成熟的DC细胞内上调节CD40、CD80、CD86和CD83等共刺激分子的表达和增加了IL6、IL-10  TNF-а分泌，发现SL-VLP  S  DNA疫苗也能诱导比SARS  CoV  VLP  更高水平的抗体和刺激更强烈的细胞免疫效应，为新型SARS  CoV疫苗的研究和揭示SARS  CoV的致病机理提供重要的线索。