性成熟大鼠和小鼠的性别主要通过肛门和外生殖器之间的距离与特征来鉴别。雌鼠的肛门和阴道之间距离较近，且呈现一无毛带区；雄鼠的肛门和阴茎间的距离大致是雌性的2倍，该处可见明显的阴囊并且长有被毛(图3-1-30)，如将大鼠头向上提起，常可见到阴囊内有睾丸。此外，经产并授乳过的雌鼠腹部常可见明显的乳头。

从被毛基本长全(约12日龄)至性成熟前(约35日龄)的大鼠和小鼠，雄性的性征不明显，而雌性的乳头常被被毛覆盖，因此主要依靠肛门和外生殖器间的距离来鉴别，雄鼠该距离大约是雌鼠的2倍。由于雄性大鼠睾丸在3周龄时可下降到阴囊，故将其头部提起可见到阴囊内的睾丸。

5～12日龄的大鼠和小鼠性别可以通过腹部的乳头来鉴别，由于被毛尚未长全，可见雌鼠的乳头非常明显地排列于腹部两侧，而雄鼠则没有，在白化大鼠和小鼠该特征非常明显(图3-1-31)。

5日龄以内的大鼠和小鼠也是依据肛门和外生殖器间的距离来鉴别，雄鼠该距离大约是雌性的2倍，但由于个体小，该距离差别不明显，且雌鼠和雄鼠的外生殖器均表现为微小的突起，外形特征相似，故往往需要将2个性别同同时比较才能判断，见图3-1-32。