自发性心房血栓形成在小鼠中很少见（2岁龄小鼠中<1%），并且似乎与品系有关，在RFM小鼠中发病率很高，在患有肾脏疾病和淀粉样变的老年小鼠中也比较常见。 

血栓通常出现在增大、充血的左心房和心耳，并可能伴有淀粉样变性。患病的小鼠可能表现出心力衰竭的症状，特别是严重的呼吸困难。 

在B6C3F1小鼠中诱导心房血栓形成已被用于评估化学暴露的心血管风险。 

某些品系会出现心肌和心外膜矿化。 

动脉周围炎，也被称为动脉炎，影响老年小鼠，在多个组织可观察到病变，包括脾脏、心脏、舌头、子宫、睾丸、肾脏和膀胱。病变血管的中膜均匀，嗜酸性强，苏木精和伊红染色。 

已经在DBA/2和其他品系上建立了实验性冠状动脉炎伴心肌肥厚模型，通过腹腔注射甘露蛋白-β-葡聚糖复合物（从白色念珠菌上提取）。 

老年小鼠，尤其是C3H小鼠，可能会见到肠系膜淋巴结充满血液。这种情况是偶然发现，不应与传染性淋巴结病，如沙门氏菌引起的传染性淋巴结病相混淆。 

老年小鼠的许多组织中都有单核细胞聚集体或结节，包括唾液腺、胸腺、卵巢、子宫、肠系膜和纵隔、膀胱和胃肠道。这些结节不应被误诊为淋巴瘤。 

C57BL/6脾脏中肉眼可见的黑色色素沉着是正常的，是由黑色素沉积引起的黑色素沉着症。脾脏易发生淀粉样变和含铁血黄素沉积。脂褐素沉积很常见，尤其是在老年小鼠。 

胸腺发生年龄相关性萎缩。 

在小鼠上出现的多种遗传免疫缺陷，其中许多种缺陷会增加对传染病的易感性。例如，裸鼠没有胸腺，严重缺乏T细胞介导的免疫功能；SCID小鼠缺乏T和B淋巴细胞，对机会病原体高度敏感。 

对称性矿物质沉积通常发生在老年小鼠的丘脑，也可能存在中脑、小脑和大脑中，在A/J小鼠中尤其常见。 

脂褐素在老年小鼠的神经元中积聚。 

在C57BL/6小鼠的后肢神经中可以发现与年龄相关的伴有脱髓鞘的周围神经病变。 

黑色素沉着发生在色素沉着的品系，特别是在额叶。 

已经发现了一些神经突变小鼠。他们通常有相关的解剖畸形或先天性代谢缺陷。 

已发现FVB小鼠的癫痫综合征（Goelz等人，1998），可能是自发的，也可能与尾巴纹身、毛发修剪和火警等应激有关。小鼠通常为雌性，平均年龄为5.8个月（2-16个月），可表现出面部表情扭曲、自动咀嚼、流涎过多导致颈部和/或前肢腹侧被毛缠结，阵挛性惊厥可能进一步发展为强直性惊厥和死亡。在这些小鼠中持续观察到缺血性神经元坏死，与人类癫痫持续状态一致。 

一些小鼠可出现年龄相关性骨质疏松或老年性骨营养不良。它与严重肾脏疾病或甲状旁腺增生无关。 

几乎所有的小鼠都会出现某种形式的骨关节病。它通常是非炎症性的，影响关节表面，并导致继发性骨退变。