国家水生生物种质资源库是由科技部和财政部支持建立的国家科技资源共享服务平台（简称国家平台），属于基础支撑与条件保障类国家科技创新基地。

2019年6月5日，科技部财政部联合发文，发布国家科技资源共享服务平台优化调整的名单（国科发基[2019]194号），依托水生所组建的国家水生生物种质资源库位列其中，成为30个国家级生物种质与实验材料资源库之一。 

该国家平台由六大子平台组成：

1）国家斑马鱼资源中心，牵头完成“斑马鱼1号染色体全基因敲除计划”，已成为国际学术界公认的全球三大斑马鱼资源库之一；

2）藻类和原生动物种质资源库，由资源保藏量国际领先的中国科学院淡水藻种库和四膜虫种质资源库组成；

3）长江鱼类种质资源库，拥有国际同类资源最大的银鲫等大宗淡水鱼类种质资源库；

4）水生植物种质资源库，建成全球规模最大的浮萍种质资源库；

 5）特色水生动物种质资源库，涵盖我国独有或特色的实验鱼类稀有鮈鲫、水产病原和饵料生物等重要特色资源；

6）珍稀水生动物资源库，拥有全球唯一的人工环境中长江江豚繁育保护群体，是国内外最重要的、最具影响力的淡水豚类研究平台。 

除水生植物种质资源库设立于中国科学院成都生物研究所之外，其他资源子库均依托中国科学院水生生物研究所建设。该国家平台主库建设于水生所2号实验楼1楼和2楼，拥有实验鱼类全自动维生系统、藻类洁净培养间、长江淡水豚类人工饲养繁育系统、超低温冰箱、大型液氮罐等资源繁育  和保藏设施，拥有显微注射仪、基因枪、全自动体式荧光显微镜、光片显微镜等资源创建和鉴定设施。拥有开展资源收集、创制、保藏和利用研究的全职人员30多人。承担有国家重点研发计划“蓝色粮  仓科技创新”重点专项、“发育编程及其代谢调节”重点专项、国家自然科学基金创新研究群体等国家级重大科研项目。

这些平台从资源量、资源数字化水平、服务量、服务质量等方面来说，都达到国际国内领先的水平。该国家平台有力地支撑和促进了我国基础生物学和基础医学、水生经济动物育种、水环境保护等研究，是践行“长江大保护”，促进长江生态文明建设的重要抓手。该国家平台将进一步整合资源、优化结构、完善服务体系，建成代表国家水平和规模、开展国际交流与合作的国家级水生生物资源共享服务平台。